A los pocos meses de su arribo nació Francisco, el 31 de mayo de 1852, en una casona en donde hoy se encuentran la Av. Paseo Colón con la calle Venezuela. En ese solar, las placas conmemorativas se codean con mamarrachos, pintadas políticas y grafitis. Lo cual habla bastante de la idiosincrasia argentina.

No fue un gran estudiante y sus calificaciones distaban de ser las óptimas, incluyendo ‑aunque cueste creerlo‑ a Geografía. Sin embargo, su motivación por las ciencias naturales fue tremenda. Seguramente, por su padre Francisco Facundo, quien le enseñó a conocer la naturaleza. Él lo llevaba a la orilla del río (de la Plata) y a Palermo a juntar cosas raras", como ellos decían. Así, a los 12 años fundó un museo junto con sus hermanos en "el mirador" de la casa donde vivían, sobre la calle La Piedad (hoy Bartolomé Mitre y Uruguay). Muchas de esas "cosas raras" se encuentran ahora en la Sala Moreno del Museo de Ciencias Naturales de La Plata que lleva actualmente su nombre: Francisco P. Moreno. Entre esas piezas también hubo rarezas de verdad, como aquella que fue a parar a manos del sabio German Burmeister, científico prusiano que ‑radicado en la Argentina‑ era el Director del Museo Argentino de Ciencias Naturales "Bernardino Rivadavia". Burmeister bautizó los restos de ese desconocido armadillo fósil en honor al joven naturalista (que tenía 15 años) como Dasypus moreni. 

Aunque no participó en ella, la Guerra del Paraguay lo marcó entrañablemente. En especial, cuando presenció el retorno del 6º de Línea: “ese batallón diezmado en los asaltos, aquella asta de lo que .fue bandera, de la que sólo quedaban hilachas, qué gran impresión causó en mi espíritu”. Pero fue el diplomático Don Félix Frías quien lo encausó en ese patriotismo, al alertarlo sobre la inminente disputa de los territorios patagónicos con la República de Chile. Fue entonces cuando Moreno resolvió prepararse “para cuando la patria lo necesite”. 

El 27 de diciembre de 1867 murió su madre, en los comienzos de la epidemia de cólera que asoló Buenos Aires al año siguiente. Poco después la fiebre amarilla llevará al resto de la familia a radicarse en Chascomús, donde Moreno descubre un yacimiento de fósiles y reúne piezas en 40 cajones. Su padre nuevamente lo estimula y para su 20º cumpleaños le obsequia un edificio de 200 m2 donde acondicionar sus colecciones. Más tarde, hará viajes a Tandil y Azul, para fortalecer esa colección de historia natural.
 
"Pancho", como le decían sus allegados "era un joven alegre", como recuerda Adela Moreno Terrero de Benites, su nieta. En los carnavales, solía formar parte de una comparsa llamada "Los habitantes de la Luna". Y fue esta la que decidió "condecorar" a Domingo Faustino Sarmiento como "Emperador de las Máscaras", distinción que aceptó, seguramente porque apreciaba a aquel muchacho singular. No es casual tampoco que haya sido el mismo Sarmiento quien pronunciara el discurso inaugural de la primera parte del Museo de Ciencias Naturales de La Plata en 1885.
 
Diez años atrás emprendió su primer viaje a Patagonia. Fue así como tomó contacto con el gran cacique Valentín Sayhueque. Le regaló una bandera argentina y le enseñó a izarla. A partir de ese momento, en su toldería flameaba la insignia nacional.
 
En 1876 se embarca rumbo al sur nuevamente. Esta vez, a bordo de la Goleta, "Santa Cruz", comandada por otro grande: el Capitán Don Luis Piedra Buena, “El Caballero del Mar”. Sigue viaje hacia Santa Cruz, donde bautiza un cuerpo de agua -hoy famoso‑, improvisando una oración muy linda: "Mar interno, hijo del manto patrio que cubre la cordillera en la inmensa soledad, la voluntad humana, desde hoy te llamará '1ago Argentino'. También bautiza otro lago espectacular y de un modo elocuente: “Llamémosle Lago San Martín, pues sus aguas bañan la maciza cordillera de los Andes, único pedestal digno de soportar la figura heroica del guerrero”. Su admiración por el Libertador fue tan grande que lo impulsó a patrocinar la construcción del monumento del Cerro de la Gloria en Mendoza. 

En 1878 fue distinguido con el título de “Doctor Honoris Causa” por la entonces Facultad de Ciencias Físicas y Matemáticas de la Universidad Nacional de Córdoba. 

Un año más tarde, emprende un nuevo viaje, tratando de determinar los límites establecidos por naturaleza entre Chile y la Argentina hace flamear la bandera nacional en las tolderías del cacique Inacayal. Y donde hoy se emplaza Esquel (Chubut) fue tomado prisionero por Sayhueque, en enero de 1880, dado que el Gobierno Nacional no aceptaba liberar prisioneros indios apresados por el General Conrado Villegas. Esto lleva que ‑sin culpa‑ fuera hecho rehén y condenado a muerte por ambos caciques además de Foyel. Pero, aprovechando unos días de plazo antes de cumplir la sentencia, huyó con dos compañeros de un modo cinematográfico. Descendieron por el Collón Curá y luego caminaron hasta el Fortín La División, donde llegaron el 19 de febrero de 1880 en forma providencial, cuando sus fuerzas ya los abandonaban. Años más tarde escribirá: «Ninguno de los jefes caleufú ha teñido sus manos en sangre de cautivo indefenso. Si pelearon y cayeron, fue defendiendo su suelo. Shaihueque en 1880 fue un leal enemigo, y juzgo al indio puro con su criterio, Defendía su patria. Era dueño de su tierra por derecho divino». En marzo arriba a Buenos Aires, casi convertido en héroe y tal como sugiere su nieta, debería dársele el título de Héroe Civil, "pues jamás derramó sangre humana y conquistó con su saber extensiones de tierra superiores a las conquistadas por guerreros". Los Doctores Ignacio Pirovano y Guillermo Rawson (este último, fundador de la Cruz Roja Argentina) le recomiendan reposo para sanar las heridas de aquellas penuras. Entonces, decide viajar a Europa, donde toma clases en la Universidad de París con el Profesor Paul Broca, quien años atrás publicó uno de sus trabajos (sobre cráneos fósiles) en la Revista de Antropología que dirigía. En ese año (1881) la Sociedad Geográfica de Francia le otorga la medalla de oro. 

Regresó a la Argentina, donde encontró cautivos del gobierno a los mismos caciques que lo habían hecho prisionero a él. Hizo lo posible por defenderlos ante la opinión pública y se ocupó de sus necesidades, mientras se dedicaba a la formación del Museo Arqueológico de la Provincia de Buenos Aires, en 1882, coincidiendo con la fundación de la ciudad de La Plata. Ese museo comenzó a construirse en 1884 y se inauguró el 20 de julio de 1885. Un mes antes se casaba con una jovencita de 17 años: María Ana Varela, "Menena", nieta de Don Florencio Varela. La familia Varela era amiga de los Moreno, ya que compartieron el exilio en Montevideo. En 12 años tuvieron 7 hijos, 3 de los cuales vieron morir en sus primeros años de vida. Adela Moreno ‑su nieta‑ cuenta que "cuando la Cuestión de Límites con chile estaba en su momento crucial, ya nombrado Perito desde septiembre de 1896, ella quiso estar a su lado, y en uno de los viajes que él realizó a Buenos Aires resolvió acompañarlo cruzando a lomo de mula la cordillera junto a sus cuatro hijitos". Desgraciadamente un brote de fiebre tifoidea acaba con su temprana vida (tenía 29 años) el 1 de junio de 1897, dejando a Moreno inmerso en una profunda amargura. Pero como ella le hiciera prometer que aunque no estuviera debía continuar su trabajo en defensa de la soberanía, tuvo que alejarse de sus hijos, que tenían por entonces 11, 9, 7 y 4 años. Aquel sacrificio tuvo su recompensa: un arbitraje que le permite a la Argentina retener 1.800 leguas cuadradas de tierras. Esto queda claro y corroborado en una carta que le envía Sir Thomas Holdich, quien le manifiesta que todo lo que había ganado la Argentina se lo debía única y exclusivamente a él. 

Concluida "la cuestión de límites" regresó a Buenos Aires, no sin antes recibir otra noticia terrible: la muerte de su hijo menor, Florencio, de 9 años. En contrapartida, cuando llega a su ciudad natal el pueblo lo recibe con una gratitud emocionante, dado que lo había salvado de una potencial guerra con el país hermano.
 
En 1903, el Gobierno Nacional le agradeció sus gestiones otorgándole (por Ley 4.129) 25 leguas de tierras fiscales a elegir por él "en el Territorio del Neuquén o al Sur del Río Negro", ya que en 22 años de viajes y sacrificios no había recibido retribución alguna. ¡Qué ejemplo increíble para lo que estamos acostumbrados a ver en los funcionarios públicos de hoy!. Pero ese mismo año tiene otro gesto de grandeza: decide donar 7.500 hectáreas de aquel paraíso para la concreción del primer Parque Nacional argentino, Nahuel Huapi, que será el tercero del América. En la carta de donación al Ministro de Agricultura dijo: "Al hacer esta donación emito el deseo de que la fisonomía actual del perímetro que abarca no sea alterada y que no se hagan más obras que aquellas que faciliten comodidades para la vida del visitante culto, cuya presencia en esos lugares será siempre beneficiosa a las regiones incorporadas definitivamente a nuestra soberanía y cuyo rápido y meditado aprovechamiento debe contribuir tanto a la buena orientación de los destinos de la nacionalidad argentina" (6 de noviembre de 1903).
 
Como Moreno decía que "es sabido que donde el trabajo y la escuela reinan la cárcel se cierra" (1904), palpando las necesidades de los chicos del barrio de Parque de los Patricios, creó los comedores escolares, donde se comenzó a distribuir diariamente entre 150 y 200 platos de sopa costeados por él. Para hacer frente a estos gastos vendió las tierras que le quedaban del sur, ya que decía que "un niño con la barriga vacía no puede aprender a escribirla palabra pan".
 
En 1906 se retira de la dirección vitalicia del Museo de La Plata, por estar en desacuerdo con su anexión a la Universidad, ya que temía que el museo se transformara en un ámbito de elite y no una institución popular. Pero con una responsabilidad menos, asumió otro desafío: entusiasmar a una filántropo, Doña Victoria Aguirre, a conocer los barrios carenciados "de la Quema" y "de las Ranas". De esa forma nacieron las Escuelas Patrias del Patronato de la Infancia, el Refugio de la Calle Arenas y las Cantinas Maternales, donde se brindaba asistencia a las personas pobres.
 
En 1908 creó la Institución Nacional del Scoutismo Argentino (INSA), siguiendo la iniciativa del militar inglés Sir Baden Powell. En 1910 es elegido Diputado Nacional (por tres años), desde donde impulsó leyes para promover los estudios científicos. En 1914 es electo Vicepresidente del Consejo Nacional de Educación.
 
Su nieto, fallecido a principios de 2000, Francisco Pascasio Clemente Moreno (Francisco Pascasio, por razones obvias y Clernente, por su padrino: Clemente Onelli, amigo, colega y compañero del “Abuelo”) siempre nos recordaba con orgullo las palabras de brindis de cada fin de año: “¡Por más parques, y no menos!”. Pancho ‑como también conocíamos a su nieto‑ solía bromear diciendo "tengo el nombre de dos glaciares y 1a jubilación Congelada". Vivía en un geriátrico y murió con lo puesto. Su nieta, Adela, aún rememora: "Sé que murió triste, sintiéndose inútil. En uno de los tantos papes hallados en su mesa de trabajo había uno que decía: “¡Cuánto quisiera hacer, cuánto hay que hacer por la patria! Pero ¿cómo, cómo? ¡Tengo sesenta y seis años y ni  un centavo! ¿Cuánto valen los centavos en estos casos... ? ¡Yo que he dado mil ochocientas leguas a mi patria y el Parque Nacional, donde los hombres de mañana, reposando, adquieran nuevas fuerzas para servirla, no dejo a mis hijos un metro de tierra donde sepultar mis cenizas!". Murió el 22 de noviembre de 1919. Sobre su pecho llevaba un relicario con la Bandera del Ejército de los Andes, que se encuentra actualmente en el Museo de la Patagonia, en Bariloche. Lamentablemente, el Gobierno Argentino no estuvo presente en los homenajes que se le tributaron. Sólo reaccionó cuando comenzaron a llegar oleadas de telegramas con condolencias desde muchos países de Europa y de América. Sus restos fueron depositados en la bóveda de su hermano Eduardo en el cementerio de la Recoleta y allí descansaron hasta que el 22 de enero de 1944 son trasladados a la isla Centinela, que emerge en el Nahuel Huapi que él recorrió. Hoy reposa en esa isla, junto con "Menena" y su hijo Eduardo. Por eso, aún hoy las embarcaciones que navegan frente a su costa hacen sonar sus sirenas para saludar a aquel hombre que brindaba por todos nosotros.