Desde el año 1950 el Vicariato Apostólico de Limón, cuenta con la presencia de Religiosas que incansablemente han colaborado en la tarea de evangelización.  Actualmente la Diócesis cuenta con ocho Comunidades Religiosas, distribuidas en diez parroquias.

TERCIARIAS CAPUCHINAS DE LA SAGRADA FAMILIA:   traídas por Monseñor Juan Odhendal y procedentes de Panamá llegaron al Vicariato Apostólico en el año 1950.  Dedicadas a la pastoral educativa han estado al frente del Centro Educativo María Inmaculada.  En el año 1990 abren una Casa  en Jiménez de Pococí, la que en 1999 transforman en Casa de Protección para niñas abandonadas:  Hogar Divina Providencia.
NUESTRA SEÑORA DE SION: Llegaron al Vicariato en el mismo año 1950, igualmente traídas por Monseñor Odhendal y se establecieron en Turrialba. De la misma manera que las Terciarias Capuchinas se dedicaron a la educación. En 1986 la  se establecieron en Pocora, en la Parroquia de Guácimo.
OBLATAS DE LA DIVINA PROVIDENCIA: Llegaron al Vicariato en el Episcopado de Monseñor Alfonso Hoefer en 1964 y se establecieron en la Parroquia de Siquirres, dedicándose especialmente a la catequesis.  Más tarde el 24/04/1976, llegaron a la Parroquia de Limón. En junio del año 2001 cerraron la Casa que tenían en la Ciudad de Limón, por disposición de sus Superioras.
HIJAS DE LA CARIDAD DE SANTA ANA:  Hacia el año 1965 y a petición de Monseñor Hoefer, llegaron al Vicariato para trabajar  en la zona indígena de Talamanca.  En julio de 1975, abrieron un Hogar para Ancianos en la Parroquia de Cieneguita. 
HERMANAS BETHLEMITAS:   Traídas por Monseñor Alfonso Coto Monge en el año 1981, se establecieron en la Parroquia de Cariari para colaborar en la labor de la formación de agentes y comunidades. En el año 2000 por disposición de la Comunidad dejaron Cariari y se trasladaron a la Parroquia de Santa Cruz de Turrialba.
HERMANAS CLARISAS:  Llegaron al Vicariato en el Episcopado de Monseñor Alfonso Coto Monge en el año 1983 y se ubicaron en la Parroquia de La Rita.
FRATERNIDAD MISIONERA BETHLEMITA:  En el Episcopado de Monseñor Coto Monge, desde el año  1986, trabajan con los indígenas de la Zona de Tayní, en el Valle de La Estrella.
HIJAS DE LA CARIDAD SAN VICENTE DE PAUL:  Llegaron al Vicariato en el año 1994 y se establecieron en la Parroquia del Valle de la Estrella, donde han colaborado al lado de los Vicentinos en la labor evangelizadora.
MISIONERAS DE LA CARIDAD MADRE TERESA DE CALCUTA: Llegaron a la Parroquia de Limón el 12 de julio de 1999, para dedicarse a la atención de los más pobres entre los pobres: drogadictos, indigentes, abandonados.