La Diócesis de Limón está dividida en tres Vicarías Pastorales,  en cada una de las cuales un coordinador zonal y una Comisión, integrada por diferentes agentes de pastoral, orientan la pastoral de conjunto. La organización de las Vicarías reúne parroquias con elementos comunes, lo cual permite una mayor coordinación y ayuda interparroquial mediante el iambio de experiencias.