A Fortaleza de São José está localizada ao norte da Ilha de Santa Catarina, entre as praias do Forte e Jurerê, a aproximadamente 25 km do centro de Florianópolis.

Estrategicamente situada no alto do Morro da Ponta Grossa e emoldurada pela beleza dos costões e pelas areias da Praia do Forte, São José configurava no século XVIII o terceiro vértice de um sistema triangular de defesa, formado ainda pelas fortalezas de Santa Cruz de Anhatomirim e Santo Antônio de Ratones .

Esse sistema deveria proteger a Barra Norte da Ilha de Santa Catarina das investidas estrangeiras - principalmente da Espanha - a consolidar a ocupação Portuguesa do Sul do Brasil setecentista. Assim como Santa Cruz, Santo Antônio e Nossa Senhora da Conceição (no sul da Ilha), a Fortaleza de São José da Ponta Grossa foi idealizada pelo engenheiro militar e primeiro governador da Capitania da Ilha de Santa Catarina, brigadeiro José da Silva Paes.

Sua construção teve início em 1740, tendo sido concluída, aproximadamente, quatro anos após essa data. Para completar a defesa do seu flanco leste, foi construída em 1765 a Bateria de São Caetano, localizada junto à Praia de Jurerê, distante 200 metros da Fortaleza. Segundo
historiadores, a Fortaleza de São José, não foi efetivamente utilizada do ponto de vista bélico, nem mesmo durante a invasão espanhola de 1777. Após este episódio, o sistema de defesa entrou em descrédito e São José passou a ser progressivamente abandonada a sua sorte.

No final do século passado, os jornais já denunciavam a apropriação indevida de pedras, tijolos e outros materiais da Fortaleza para construção de moradias pela população local. Em 1938, quando foi tombada pelo Serviço do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (SPHAN), a Fortaleza encontrava-se já, completamente arruinada. Apenas nas duas últimas décadas, São José veio a sofrer intervenções de restauro. Em 1977, por iniciativa do Serviço de Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (SPHAN), foram realizadas obras de consolidação emergencial de alguns trechos de muralhas, na Casa do Comandante, na Portada e restauração parcial da Capela.

Em 1987, ao ser cadastrada como sítio arqueológico protegido por lei federal, foram realizados os primeiros trabalhos de prospecção arqueológica por técnicos da SPHAN/Fundação Pró-Memória, e que tiveram sequência em 1990 com a equipe do Museu Universitário da Universidade Federal de Santa Catarina. Finalmente em 1991/92 no âmbito do "Projeto Fortalezas", São José teve a maioria de seus edifícios restaurados.